平安貴族的證言
相傳成書於約970年的《口遊》，是彙集貴族子弟應知曉之知識的著作，可說是平安時代的教科書。 其中有一段著名的文字，依規模大小排列出當時日本具代表性的建築物：「雲太、和二、京三」―― 意指最大的是出雲（大社），第二是大和（東大寺大佛殿），第三是京（平安京大極殿）。
東大寺大佛殿，是現存世界最大規模的木造建築之一。而平安貴族竟理所當然地記載著， 出雲有一座連大佛殿都相形見絀的建築――這足以說明，當時的出雲大社本殿是多麼令人驚嘆的存在。
2000年，來自地下
2000年至2001年間進行的境內發掘調查中，出現了一項在考古學史上留名的重大發現。境內三處地點， 皆發現了以鐵環束起三根杉木大料、直徑高達約3公尺的柱基遺跡。被束在一起的每根杉木大料， 直徑更各自達到約1.4公尺。
其中，出土於本殿正面位置的柱基，被稱為「宇豆柱」，推測是鎌倉時代前期（13世紀前半） 實際建造的本殿所使用的支柱遺構之一。這不僅僅是傳說中的建築，更是確鑿的物證， 證明了至少在中世時期，確實存在過一座使用三根柱料束成巨柱的本殿。
圖紙，其實早已流傳
有趣的是，出雲國造家自古便流傳著一份描繪本殿樣貌、名為《金輪造營圖》的指圖（相當於設計圖）。 圖中繪有九根以金輪束起三根柱料而成的巨柱，並描繪出一條自地面長長延伸、稱為「引橋」的 階梯狀參道通往本殿的景象。
在2000年發掘之前，這份指圖常被視為後世繪製的想像圖，或是將傳說繪成圖像之作， 未必被當作可信的史料。然而，隨著三柱束成的巨大柱基遺跡實際從地底出土， 這份指圖至少在部分內容上，作為傳達曾經真實存在的本殿構造的珍貴史料，其可信度也大幅提升。
依然存在的謎團
宇豆柱的發現，大幅提升了古代出雲大社曾存在巨大本殿的可能性，但這並不代表 「本殿高度為16丈（約48公尺）」一事已成定論。研究人員至今仍持續嘗試從出土柱基的位置與規模 復原本殿的結構，除了48公尺說之外，學界對於較低矮規模的可能性也仍有討論。
另一個謎團
關於出雲大社本殿的謎團，不僅止於高度。參拜者從拜殿朝向本殿參拜的方向是朝南， 但本殿內部的御神體（大國主大神），相傳其實是在本殿之中朝向西方安座的。 因此也有人說，若從本殿正前方（西側）參拜，更能與大國主大神正面相對， 實際上西側也設有一座小型的遙拜所。
至於為何朝向西方，有一說認為是朝向稻佐之濱――與大國主大神淵源深厚的海――所在的方位， 也有一說將其與日落的方向（西方淨土）聯繫起來，說法眾多，但同樣尚未成為確立的定論。
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相傳曾有巨大神殿高聳而立的出雲。而出雲這片國土本身，據說其實是從海的彼端以繩索拉引而來―― 這則神話，正裝點著《出雲國風土記》的開篇。就規模宏大而言絲毫不遜於本殿之謎， 讓我們一起前往國引神話篇章。
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